У адпаведнасці з Пастановай № 209 СНК БССР "Аб мерапрыемствах па арганізацыі народнай адукацыі ў заходніх абласцях Беларусі" ад 22 лютага 1940 г. быў створаны Гродзенскі настаўніцкі інстытут. На двух аддзяленнях - беларускай мовы і літаратуры, рускай мовы і літаратуры і фізіка-матэматычным - рыхтавалі настаўнікаў 5-7 класаў няпоўнай сярэдняй школы.
Першым дырэктарам інстытута быў С.Я.Раскін, спецыяліст па гісторыі і методыцы выкладання хіміі. На першы курс было прынята больш за 100 студэнтаў. Заняткі ў інстытуце пачаліся 7 сакавіка 1940 г. Праіснаваў Грозенскі настаўніцкі інстытут нядоўга. Нямецка-фашысцкія захопнікі, якія акупіравалі горад на наступны дзень пасля пачатку Вялікай Айчыннай вайны, знішчылі абсталяванне і навучальныя кабінеты, у памяшканні інстытута арганізавалі шпіталь. 15-тысячны фонд бібліятэкі быў спалены. Многія выкладчыкі і студэнты ваявалі на фронце, удзельнічалі ў партызанскім руху. Пасля вызвалення Гродна ў ліпені 44-га пачалася падрыхтоўка да адкрыцця педінстытута.
На аснове распараджэння Савета Народных Камісараў СССР ад 20 кастрычніка 1944 г. Гродзенскі настаўніцкі інстытут быў ператвораны ў педагагічны. Дырэктарам інстытута быў прызначаны М.В. Уласавец.
Педагагічны інстытут у 1944 г. меў тры факультэты – фізіка-матэматычны, літаратурны і замежных моў. На першых двух адразу ж былі арганізаваныя завочныя аддзяленні.
У жніўні 1949 г. на пасаду дырэктара Гродзенскага педагагічнага інстытута быў зацверджаны І.М. Малюкевіч.
У 1954-1955 гг. была праведзеная рэарганізацыя інстытута. Адкрыўся гістарычны факультэт, прызваны забяспечыць падрыхтоўку настаўнікаў гісторыі.
Вялікі ўнёсак у развіццё Гродзенскага педагагічнага інстытута зрабіў Д.С. Маркоўскі, які ўзначаліў яго восенню 1955 г.
У 1964 г. быў створаны біёлага-хімічны факультэт. У 1969 г. у інстытуце была арганізаваная аспірантура. Першыя наборы ў яе праводзіліся па наступных спецыяльнасцях: беларуская мова, гісторыя СССР, матэматычны аналіз, дыферэнцыяльныя і інтэгральныя ўраўненні, методыка выкладання матэматыкі.
Дзейнасць Гродзенскага педагагічнага інстытута была накіраваная на падрыхтоўку настаўнікаў высокай кваліфікацыі. На вырашэнне менавіта гэтай задачы, якая разглядалася ў кантэксце стварэння кадравага патэнцыялу асветы і культуры, фарміраванні атрада інтэлігенцыі ў заходнім рэгіёне Беларусі, была зарыентавана ўся навучальна-выхаваўчая і навуковая праца.
У 1973 г. на пасаду рэктара ГПІ уступіў А.В. Бадакоў. Да 1978 г. было завершанае выкананне шэрагу мерапрыемстваў, якія дазволілі істотна ўдасканаліць навучальна-выхаваўчую і навукова-даследчую дзейнасць нашай вну.
Гродзенскі дзяржаўны ўніверсітэт (ГрДУ) быў заснаваны ў 1978 г. на базе педагагічнага інстытута імя Янкі Купалы. Пастанова Савета Міністраў СССР пра арганізацыю Гродзенскага дзяржаўнага ўніверсітэта была прынятая 24 чэрвеня 1977 г. Першы ўніверсітэцкі набор быў ажыццёўлены ў верасні 1978 г. Рэктарам ГрДУ быў прызначаны А.В. Бадакоў.
Адкрыццё ў канцы 70-х гадоў першага ў Заходняй Беларусі ўніверсітэта адлюстравала дасягненне рэспублікай даволі высокага ўзроўню эканамічнага і культурнага развіцця. Навукова-тэхнічная рэвалюцыя паставіла пытанне пра падрыхтоўку кадраў вышэйшай кваліфікацыі для высокатэхналагічных вытворчасцей і педагогаў для масавай школы, здольных арганізаваць навучанне, адпаведнае новым патрабаванням.
На час адкрыцця ўніверсітэта ў яго структуры было 5 факультэтаў: матэматычны, фізічны, гістарычны, філалагічны і факультэт педагогікі і методыкі пачатковага навучання. Працаваў факультэт даўніверсітэцкай падрыхтоўкі з двума аддзяленнямі: будучых педагогаў і будучых даследчыкаў, а таксама факультэт маладых настаўнікаў-стажораў. Дзейнічалі 25 кафедраў і курс грамадзянскай абароны. З 1 верасня пачалі працу дзве новыя кафедры: дыферэнцыяльных ураўненняў і дзяржавы і права.
Прыкметная роля адводзілася паспяховасці студэнтаў. Нароўні з навучальна-выхаваўчай працай вялікае значэнне надавалася грамадскай працы, якой кіравала партыйная арганізацыя інстытута. У цэнтры ўвагі была таксама навучальная і побытавая дысцыпліна студэнтаў. Атрымаў далейшае распаўсюджанне інстытут куратарства.
Асаблівае развіццё атрымаў летні працоўны рух. Праца ў складзе студэнцкага будаўнічага атрада (СБА) спрыяла фарміраванню грамадзянскасці, выхоўвала пачуцці адказнасці і калектывізму. Удзельнікі СБА такім чынам атрымлівалі магчымасць папоўніць свой небагаты бюджэт.
У 1978-1979 навучальным годзе навучальны працэс ва ўніверсітэце ажыццяўлялі 236 выкладчыкаў, з іх 3 доктары навук, у тым ліку 1 прафесар, 101 кандыдат навук, у тым ліку 60 дацэнтаў і старшых навуковых супрацоўнікаў.
У 1978 г. пры гістарычным факультэце было адкрыта аддзяленне правазнаўства, на базе якога з 1981 года распачаў сваю працу факультэт правазнаўства.
Напачатку 80-х гадоў пошукі новых форм і метадаў працы маладога ўніверсітэта завяршыліся фарміраваннем яго структуры, якая адпавядала галоўным напрамкам навучальна-выхаваўчай і навуковай працы.
У 1984 г. аднавіў працу факультэт біялогіі і хіміі.
У 1988-1989 навучальным годзе на 7 факультэтах: філалагічным, матэматычным, фізічным, гістарычным, біялагічным, правазнаўства, педагогікі і методыкі пачатковага навучання займаліся 2250 студэнтаў стацыянарнага навучання, 1750 – завочнага і 312 – вячэрняга. Універсітэт рыхтаваў кадры па 9 спецыяльнасцях і 16 спецыялізацыях.
На працягу 10 гадоў Гродзенскі дзяржаўны ўніверсітэт не насіў імя Янкі Купалы. І толькі 13 верасня 1988 года пастановай Савета Міністраў БССР па хадайніцтве партыйнай і камсамольскай арганізацыі ўніверсітэта ГрДУ было зноў прысвоена імя Янкі Купалы.
У 1989 г. быў адкрыты факультэт фізічнага выхавання, якія рыхтаваў настаўнікаў фізічнага выхавання для агульнаадукацыйных школ.
Завяршальным этапам рэфармавання структуры ГрДУ ў 1980-я гады стала адкрыццё ў 1989 г. на базе філалагічнага факультэта аддзялення польскай мовы і літаратуры. Гэта было прадыктавана часам – ажыццяўленнем нацыянальнай дзяржаўнай палітыкі ў сферы адукацыі.
У 1990 г. са складу фізічнага факультэта вылучылася яго вытворчае крыло ў самастойны інжынерны факультэт.
У 1991 г. ва ўніверсітэце адкрываецца факультэт беларускай філалогіі і культуры.
Напачатку 1994 года да выканання абавязкаў рэктара Гродзенскага дзяржаўнага ўніверсітэта імя Янкі Купалы прыступіў прафесар Леанід Мікалаевіч Ківач. У 1966 годзе ён скончыў фізічны факультэт Беларускага дзяржаўнага ўніверсітэта, у 1993 годзе абараніў дысертацыю на спашуканне ступені доктара фізіка-матэматычных навук. Новы рэктар прапанаваў праграму, мэтай якой было пераўтварэнне ВНУ, пераважна педагагічнага кірунку, у шматпрофільны ўніверсітэт – цэнтр адукацыі, навукі і культуры Заходняй Беларусі.
У першай палове 1994 г. ажыццёўлена аб'яднанне і перапрафіляванне факультэтаў: інжынерны і фізічны факультэты аб'ядналіся ў інжынерна-фізічны, аддзяленні правазнаўства і міжнародных адносін – у факультэт права і эканомікі, з філалагічнага факультэта ў самастойны факультэт вылучылася аддзяленне замежных моў. Што да біялагічнага, гістарычнага факультэтаў, факультэта педагогікі і методыкі пачатковага навучання, то яны былі пераназваныя ў факультэты біялогіі і экалогіі, гісторыі і культуры, псіхалогіі і педагогікі.
У 1997 г. факультэт права і эканомікі быў рэарганізаваны ў юрыдычны факультэт і факультэт эканомікі і кіравання, а факультэт замежных моў на правах аддзялення ўвайшоў у склад філалагічнага факультэта.
У верасні 1997 года да кіраўніцтва Гродзенскім універсітэтам прыйшоў прафесар Сяргей Аляксандравіч Маскевіч, які працаваў да гэтага прарэктарам па навуковай працы. У 1974 годзе ён скончыў фізіка-матэматычны факультэт Гродзенскага педагагічнага інстытута імя Янкі Купалы. У 1995 годзе абараніў дысертацыю на спашуканне ступені доктара фізіка-матэматычных навук. З першых дзён дзейнасці на новай пасадзе Сяргей Аляксандравіч праявіў сябе як дасведчаны палітык, умелы арганізатар і гаспадарнік, якому добра вядомыя як агульныя праблемы развіцця адукацыйнага працэсу, так і болевыя кропкі ўніверсітэцкага жыцця. У 2005 годзе быў абраны дэпутатам Палаты прадстаўнікоў Нацыянальнага сходу Рэспублікі Беларусь.
У 2001 годзе ў склад універсітэта ўключаны Інстытут паслядыпломнай адукацыі. У перыяд з 2001 па 2006 год у склад ГрДУ былі ўключаныя 4 каледжы: Тэхналагічны, Ваўкавыскі, Лідскі, Гуманітарны.
З 2005 па 2013 рэктарам Гродзенскага дзяржаўнага ўніверсітэта імя Янкі Купалы быў Яўгеній Аляксеевіч Роўба, прафесар, доктар фізіка-матэматычных навук. Пад яго кіраўніцтвам ва ўніверсітэце пашырыўся пералік спецыяльнасцяў і спецыялізацый. Створаны ваенны факультэт, інжынерна-будаўнічы факультэт, факультэт турызму і сэрвісу, факультэт інавацыйных тэхналогій машынабудавання. Сістэма менеджмента якасці атрымала нацыянальны і міжнародны сертыфікаты адпаведнасці патрабаванням ISO 9001 і ISO 9001: 2008.
У 2010 годзе ўніверсітэту была ўручана Прэмія Урада Рэспублікі Беларусь за дасягненні ў галіне якасці. За асаблівыя дасягненні ў сацыяльна-культурным развіцці, падрыхтоўку высокакваліфікаваных кадраў і ў сувязі з 70-годдзем з дня заснавання Указам Прэзідэнта Рэспублікі Беларусь універсітэту прысуджаны Ганаровы дзяржаўны сцяг Беларусі. А ў 2011 годзе Гродзенскі дзяржаўны ўніверсітэт імя Янкі Купалы адзін з першых сярод ВНУ Рэспублікі Беларусь атрымаў пасведчанне аб акрэдытацыі Дзяржаўным камітэтам па навуцы і тэхналогіях Рэспублікі Беларусь і Нацыянальнай акадэміяй навук Беларусі на аснове ацэнкі вынікаў навуковай, навукова-тэхнічнай і інавацыйнай дзейнасці.
З 1 сакавіка 2013 года рэктарам універсітэта прызначаны Андрэй Дзмітрыевіч Кароль, дацэнт, доктар педагагічных навук. У гэтым жа годзе сваю працу пачаў факультэт гісторыі, камунікацыі і турызму і стаў пераемнікам ўсіх правоў і абавязкаў факультэта гісторыі і сацыялогіі і факультэта турызму і сэрвісу, уключыўшы ў свой склад дзве кафедры філалагічнага факультэта: кафедру журналістыкі і кафедру лінгвістычнага забеспячэння міжкультурных камунікацый. Таксама ў 2013 годзе аднавіў сваю працу факультэт даўніверсітэцкай падрыхтоўкі.
Пад кіраўніцтвам А.Д. Караля ажыццяўляецца паспяховае функцыянаванне навукова-адукацыйнага цэнтра. Так, у 2014 годзе ўніверсітэт увайшоў у чацвёрку ВНУ Міністэрства адукацыі, які ўжо ў першым туры цалкам выканалі план бюджэтнага набору.
У 2014 годзе распрацавана і ўкаранёна інтэграваная сістэма індывідуальных і кафедральных рэйтынгаў. Таксама ўніверсітэт паспяхова прайшоў дзяржаўную акрэдытацыю на адпаведнасць тыпу класічнага ўніверсітэта, пацвердзіўшы свой статус.
Адукацыйны партал універсітэта ў 2014 годзе атрымаў інтэрнэт-прэмію «Тibо» у намінацыі «Адукацыя і навука», а ў 2015 годзе ГрДУ імя Янкі Купалы дамогся другога месца сярод нацыянальных ВНУ ў міжнародным рэйтынгу Webometrics і ўвайшоў у дзесятку лепшых ВНУ краіны па асноўных паказчыках дзейнасці.
У сакавіку 2016 года Гродзенскі дзяржаўны ўніверсітэт імя Янкі Купалы стаў сузаснавальнікам першага ў Беларусі Інавацыйнага медыйнага кластара. Праца структуры накіравана на інавацыйнае развіццё канкурэнтаздольнай інфармацыйнай прасторы Гродзенскай вобласці за кошт фарміравання эфектыўных механізмаў узаемадзеяння органаў дзяржаўнага кіравання, арганізацый адукацыі, навукі і вытворчасці.
У 2016 годзе ГрДУ імя Янкі Купалы пацвердзіў званне лаўрэата Прэміі Урада Рэспублікі Беларусь за дасягненні ў галіне якасці. Адпаведнае Рашэнне Камісіі па прысуджэнні прэміі зацверджана пастановай № 293 ад 8 красавіка 2016 года.
29 верасня 2017 году Андрэй Дзмітрыевіч Кароль быў прызначаны на пасаду рэктара Беларускага дзяржаўнага ўніверсітэта. 7 снежня 2017 года на пасаду рэктара Гродзенскага дзяржаўнага ўніверсітэта імя Янкі Купалы прызначана Ірына Фёдараўна Кітурка, дацэнт, кандыдат гістарычных навук.